بمحاذاة الجزء الخلفي من مبنى الخدمات والإقامة الذي تهدم حاليا، كانت توجد منطقة خدمات تتضمن بئراً ضخمًا مبنياً بالطوب. البواقي المحطمة من مرافق المياه التي كانت تخدم مجمع السلطان قايتباي تتضمن موقع ساقية كبيرة على البئر تصميمها متطابق فعليا مع تلك المستخدمة في مصر في الأزمنة الرومانية القديمة. وكانت بالتأكيد تمد حوض سقاية الدواب بالمياه، وعلى الأرجح تمد أيضا الأجزاء الأخرى من المجمع ومنها منطقة الوضوء بالمسجد. من الأشياء المحفوظة أيضا رغم أنها غير كاملة قنوات المياه وخزان مياه ضخم مصنوع من الطوب يمكنه الاحتفاظ بـ45 ألف إلى 50 ألف لتر 
كانت مياه الآبار مالحة قليلا في القاهرة، لذلك كانت مرافق المياه توفر المياه للعديد من الاستخدامات المنزلية ولكن ليس للشرب. مياه النيل الصالحة للشرب التي كانت توزعها الأسبلة بالمجان كانت تجلبها الدواب